壹、準備註銷所需材料
首先，農民合作社應準備好註銷申請書，該申請書應詳細說明註銷原因及註銷後的處理事項。同時，還需要提供農民合作社的營業執照原件、副本，以及法定代表人的身份證明文件。此外，根據當地工商行政管理部門的要求，可能還需要提供其他相關材料，如稅務註銷證明、社保註銷證明等。
二、提交註銷申請
準備好所需材料後，農民合作社應前往當地工商行政管理部門提交註銷申請。在提交申請時，應確保所有材料的真實性和完整性，並按照要求填寫相關表格。工商行政管理部門將對提交的材料進行審核，如果材料齊全、符合要求，將受理註銷申請。
三、辦理註銷手續
在受理註銷申請後，工商行政管理部門將進行壹系列註銷手續的辦理。這包括註銷稅務登記、社保登記等，並註銷農民合作社的銀行賬戶。此外，還需要辦理農民合作社的資產清算和債務清償工作，確保合作社在註銷前無遺留問題。
四、領取註銷證明
完成所有註銷手續後，工商行政管理部門將出具註銷證明，證明農民合作社已經正式註銷。農民合作社應妥善保管該證明，以備日後需要。
綜上所述：
農民合作社營業執照註銷流程包括準備註銷所需材料、提交註銷申請、辦理註銷手續以及領取註銷證明等步驟。在辦理過程中，農民合作社應確保材料的真實性和完整性，並按照工商行政管理部門的要求進行操作。完成所有手續後，農民合作社將正式註銷，結束其經營活動。
法律依據：
《中華人民***和國農民專業合作社法》
第五十條規定：
農民專業合作社因章程規定的解散事由出現、成員大會決議解散、依法被吊銷營業執照或者被撤銷等原因解散，應當在解散事由出現之日起十五日內由成員大會推舉成員組成清算組，開始解散清算。逾期不能組成清算組的，成員、債權人可以向人民法院申請指定成員組成清算組進行清算，人民法院應當受理該申請，並及時指定成員組成清算組進行清算。
《中華人民***和國農民專業合作社登記管理條例》
第二十壹條規定：
農民專業合作社因解散、被宣告破產或者其他原因而終止的，應當向登記機關申請註銷登記。