(2)特別合作區行使的權力不同於壹般地方機關的管理。特別合作區是汕尾市統壹的地方地級市管理權限，但不同於其他壹般縣行政區，實行地級市管理權限，依法享有地級市行政權力。特別合作區內普遍使用人民幣，財政(省、深、汕尾、)和收入自用，不上繳中央人民政府。
組織結構
在特河區形成深圳市、汕尾市政府高層領導班子決策，特河區管委會管理，建設開發公司運作的三層管理框架。省級推進合作區建設協調小組負責省級協調工作。
領導小組:指導、協調和解決重大問題。
在深圳和汕尾成立高層決策領導小組。領導小組組長由深圳市、汕尾市政府主要領導擔任，成員包括深圳市、汕尾市相關領導、相關部門負責人和特區管理機構負責人。受省委、省政府委托，領導小組負責指導、協調和解決特區建設和管理中的重大問題，並定期召開會議。領導小組下設辦公室，設在特河區管委會，作為領導小組的日常辦公室。
管理委員會:地級市的壹級管理機構
成立特河區黨工委、管委會。
1.管委會被省裏賦予壹級管理權限，委托給深圳和汕尾。特河區黨工委和管委會合署辦公。黨工委、管委會主要領導配備副廳級。管委會掛深圳(汕尾)產業轉移工業園牌子，具體經營管理由深圳和汕尾分別負責。
2.根據統籌管理、適當分工的原則，特區管理委員會主要負責經濟管理和建設。特河區黨工委書記由汕尾市推薦，副書記2名(其中1兼任管委會主任)；紀委書記:1。特區管委會主任由深圳市推薦，副主任4名，按規定程序任免。特區人員數量另文明確，省編辦對特區管理機構的設立給予特別支持。特河區黨政正職副職人選原則上由深圳、汕尾推薦。
3.管委會內設機構設置為主任級。內設機構中，社會管理部門主要負責人由汕尾市推薦，經濟管理部門主要負責人由深圳市推薦。內設機構副職人選原則上交叉任職，由深圳市、汕尾市協商推薦，按規定程序考核任免。
4.額布、小莫、侯門、赤石四個鎮由特河區管理。特河區成立後壹年內，按行政區劃和調整程序的有關規定，改為街道辦事處，主要負責人配備為副處級。四鎮主要負責屬地社會事務管理，經濟建設事務交由特河區管委會統壹管理。四鎮(街道辦事處)長人選由深圳、汕尾推薦，按規定程序任免。四鎮(含深汕產業轉移工業園管委會)現有超編人員由深圳和汕尾協商處理。
5.特區管理雙方應共同努力，確保特區經濟和社會的協調發展。合作中出現的分歧，由雙方自行友好協商解決，經充分協商不能達成壹致的重大問題，提交兩市決策領導小組，直至省協調小組研究決定。
6.人大、政協、法院、檢察院等司法機關仍按原隸屬關系管轄。
金融體系
財政體制:省直管，深圳管。
特河區財政體制實行“省直管”模式，委托深圳全額托管，授權深圳管理和審批特河區財政預決算，並報省財政廳備案。
本區的稅收依法征收，並當場繳入國庫。特河區單獨設立財政局、國家稅務局和地方稅務局，接受合作區財政局的業務指導和協調。
特區金庫的設立暫由中國人民銀行廣州分行批準設立與汕尾分庫同級的特區直屬分庫並開始運行；特區正式運行後，廣東分館、深圳分館會同省財政廳、深圳市財政委員會、汕尾市財政局，研究提出有利於特區發展的金庫設置辦法。涉及中央權限的，按規定程序報批。
特區資金的支付和分配關系由省財政廳、深圳市財政委員會、國庫廣東省分行和深圳市分行具體商定。
特區財政與省體制的關系:省財政按現行體制取得特區產生的省財政壹般預算收入。2011-2015年省級財政從特區取得的壹般預算收入，除基數部分外，2009年全部返還特區。2016起，按規定獲得份額收益。
收入份額:25%、25%和50%
特區財政與省體制的關系:省財政按現行體制取得特區產生的省財政壹般預算收入。2011-2015年省級財政從特區取得的壹般預算收入，除基數部分外，2009年全部返還特區。2016起，按規定獲得份額收益。
特區財政與深圳市、汕尾市(含海豐縣)的體制關系:特區產生的地方稅收按體制扣除省裏的好處後，由深圳市、汕尾市、特區按25%、25%、50%的比例分成。2011-2015深圳、汕尾將各自收入全額返還特區；2016-2020，深圳、汕尾將各自收入的50%返還給特合區。
土地收益:12%給汕尾。
特河區政府土地出讓凈收益按12%的比例分配給汕尾市。2011-2015汕尾市將取得的土地收益全部返還給特河區。2016之後，汕尾市將在符合國家規定的前提下決定使用方向和範圍。
特河區管委會負責特河區的征地拆遷工作，汕尾市積極協助和配合。征地拆遷費用由特河區管委會按程序評估審核後撥付。
當前債務:爭取壹次性解決
由省財政廳、深圳市財政委、汕尾市財政局組成的工作組對特河區四鎮現有政府性債務進行審核確認，並在此基礎上提出壹次性解決方案。
華潤電廠:與特區分離
特區範圍內的華潤電廠項目與特區分開列項，其經濟關系和稅收分別處理。按制度扣除省裏的好處後，汕尾市和特區分別分成80%和20%。2011-2015年華潤海豐電廠項目受益的省財政部分全額返還補貼特區，2016年按規定取得分成收益。
性價比GDP:深圳70%，汕尾30%。
天河區的GDP分別占深圳的70%和汕尾的30%。能耗指標的劃分由深圳市和汕尾市協商確定，其他指標納入汕尾市統計指標。特區管委會直接向省統計局報送特區統計報表，同時抄報深圳、汕尾統計部門。深圳、汕尾統計部門分別按上述比例將特區GDP、能耗計入各自統計總量，由省統計局確認。