農民專業合作社銷售自產農產品，免征增值稅。其年應稅銷售收入（既包括征稅銷售收入，也包括免稅銷售收入）超過500萬元，必須登記為壹般納稅人。所以，農民專業合作社年銷售收入超過500萬元，應該主動去稅局登記為壹般納稅人。如果經稅務機關通知仍然不主動登記為壹般納稅人，除了會被稅局強制按照壹般納稅人對待，而且還會受到處罰、影響免稅。
稅收優惠：
1、對農民專業合作社銷售農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品，免征增值稅；
2、壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額；
3、對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。
法律依據
《中華人民***和國稅收征收管理法》第壹條 為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。第二條 凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行；法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。 任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。 法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。 納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。