農業稅提高了農產品成本,降低了國際競爭力。中國是世界上惟壹仍然專門面向農民征收農業稅的國家，總稅率為 8．4%。國家稅務總局法規處處長王道樹認為，加入世界貿易組織後，國外競爭對國內農產品市場壓力明顯加大。中國農業本來就是弱勢產業，農業稅則進壹步提高了農產品的生產成本，使中國農產品在國際市場上的價格競爭力大打折扣。
美國、日本和歐盟國家對本國農產品的補貼是我們遠遠做不到的。根據世貿組織規則，中國可使用‘綠箱’‘黃箱’政策補貼農民，說可以補到8%，可實際能達到的大約也就是2%。這迫使我們采取包括減稅在內的積極政策，支持農業發展。
城鄉收入差距加大，農村稅負高於城市。城鄉收入差距不斷加大也是減免農業稅的重要原因。2003年，這個差距已達到3．3：1。“怎麽提高農民收入？”王道樹說，壹方面要創造條件讓他們增收，另壹方面就要給他們減負，而農業稅是農民負擔中最大的壹塊。從另壹個角度看，農民的稅負遠高於城市居民。王道樹分析，同樣作為納稅人，城市居民交個人所得稅時，先要把起征點以下的收入扣除，而農民交農業稅卻從沒有起征點。如果征農業稅也像征個稅那樣扣除，至少有9成以上農民達不到納稅人水平，應該不交稅或者少交稅。
作為生產者和經營者，城市工商業者把商品拿到市場上去賣才交稅，而農民無論實際產量和成本消耗多大，都必須按定額交稅，這使得農業稅幾乎變成了“地租”。根據換算，農產品增值稅的稅率比工業品增值稅的稅率要高出5至8個百分點。城市和農村實行兩套不同的稅制，是中國城鄉二元經濟結構的典型反映之壹。這不僅顯失公平，更加劇了城鄉居民收入差距的擴大。