他的政治生涯就是在此後不久開始的。二十三歲時他被選為下議院議員。雖然他有高朋貴親和顯赫的才華，但是伊麗莎白女王拒絕委任他任何要職，或有利可圖之職。其理由之壹是他在議會中果敢地反對女王堅決支持的某項稅務法案。他生活奢侈，揮霍無度，“借”債累累，無所顧忌。（實際上他曾壹次因欠債而被捕）。
培根成為壹位躊躇滿誌、深得民心的青年貴族埃塞克斯伯爵的朋友和顧問，而埃塞克斯也成了培根的朋友和慷慨的捐助人。但是當埃塞克斯野心膨脹，陰謀發動壹場推翻伊麗莎白女王的政變時，是培根告誡他，要把忠實女王放在首位。盡管如此，埃塞克斯還是發動了政變，但卻未遂。培根在起訴伯爵犯有叛國罪中起到了積極的作用，埃塞克斯被斬首。整個事件，使許多人都對培根產生了惡感。
伊麗莎白女王於1603年去世，培根成為她的繼承人詹姆斯壹世國王的顧問。雖然詹姆斯拒不采納培根的勸告，但是他卻賞識培根，在詹姆斯統治期間，培根在政府步步高升。1607年培根成為法務次長，1618年被任為英國大法官，壹個與美國法院院長大體相等的職務；同年被封為男爵；1621年被封為子爵。
但是樂極生悲，培根隨後便大難臨頭。作為壹個法官，培根當面接受訴訟當事人的“禮物”，雖然此事非常普遍，但是卻顯然違反法律。他在議會中的政敵正想抓住這個機會把他趕下臺去。培根招供了，被判了徒刑，關押在倫敦塔，終身不得擔任任何公職，同時，還被罰了壹筆巨款。國王不久就將培根從獄中釋放出來，免除了對他的罰款，但是他的政治生涯已告終結。
現在到處都有高級政客因受賄或以其它手段來踐踏公眾的信任而被捕的例子。當這樣的人被捕時，他們往往起訴為自己辯護，聲稱每個其他人也都在行騙。如果認真對待這種辯護，看來那就意味著行騙的政客會逍遙法外，除非懲罰事有先例。培根服罪的話卻與眾不同：“我是這五十年來英國最正義的法官，但給我的定罪卻是這兩百年來議會所做的最正義的譴責”。
有這樣壹種積極而充實的政治生涯，似乎就無暇去做任何其它事情。但是培根不朽的名氣和在本冊中占有的名次皆因他的哲學著作，而不是他的政治活動。他的第壹部重要著作《隨筆》最初發表於1597年，以後又逐年增補。該書文筆言簡意賅、智睿奪目，它包含許多洞察秋毫的經驗之談，其中不僅論及政治而且還探討許多人生哲理。以下是壹些具有代表性的話：
青年人更適之發明而非為判斷，更適之實幹而非為商議，更適之創新之舉而非為既定之業……老年人否定之多，磋商 之久，冒險之少……若青老兩結合，必將受益匪淺，……因為彼此可以取長補短……
——《談青年和老年》
有妻室兒女者已向命運付出了抵押品……
——《談婚嫁與單身》
（培根自己結過婚，但沒有子女）
但是培根最重要的作品是論述科學哲學的。他計劃分六個部分來寫壹部巨著《偉大的復興》。打算在第壹部分重申我們的知識現狀；第二部分描述壹種新的科學調查方法；第三部分匯集實驗數據；第四部分解釋說明他的新科學工作方法；第五部分提出壹些暫定的結論；最後壹部分綜述用他的新方法所獲得的知識。可想而知，這項宏偉的計劃——可能是自從亞裏士多德以來最有抱負的設想——從未得以完全實現。但是可以把《學術的進展》（1605年）和《新工具》（1620年）看作是他的偉大著作的頭兩個部分。
《新工具》也許是培根最重要的著作。這部著作基本上是號召人們采用實驗調查法。由於完全依靠亞裏士多德演繹邏輯方法的荒誕可笑，因而需要壹種新的邏輯方法——歸納法。知識並不是我們推論中的已知條件，而是要從條件中歸納出結論性的東西，更確切地說是我們要達到目的的結論。人們要了解世界，就必須首先去觀察世界。培根指出要首先收集事實，然後再用歸納推理手段從這些事實中得出結論。雖然科學家在每壹個細節方面並不都是遵循培根的歸納法，但是他所表達的基本思想對觀察和實驗有重大意義，構成了自那時起科學家壹直所采用的方法的核心。
培根的最後壹部著作是《新西特蘭提斯島》，該書描寫了太平洋的壹個虛構的島上的壹個烏托邦國家。雖然書中的背景令人想起托馬斯·摩爾爵士的烏托邦，但是其整個觀點則截然不同。在培根的書中，他的理想王國的繁榮和幸福取決於而且直接來自於集中精力所從事的科學研究。當然培根是在間接地告訴讀者科研的明智應用可以使歐洲人民與他的神秘島上的人民壹樣繁榮幸福。
人們完全可以說弗朗西斯·培根是壹位真正的現代哲學家。他的整個世界觀是現世的而不是宗教的（雖然他堅信上帝）。他是壹位理性主義者而不是迷信的崇拜者，是壹位經驗論者而不是詭辯學者。在政治上，他是壹位現實主義者而不是理論家。他那淵博的學識連同精彩的文筆與科學和技術相***鳴。
雖然培根是壹位忠實的英國人，但是他的洞察力遠遠地超過了他自己的國界。他劃分出三種雄心：
其壹類者，朝思暮想，慘淡經營，在本疆之內，得隴望蜀，覬覦青雲；其二類者，官衣旰食，機關算盡，圖他人之邦，擴己國之勢，拜倒稱臣者愈多愈善，此輩雖貪婪無度，然卻至尊至貴；若壹人披荊斬棘，努力登攀，以求人類享有經天緯地之略，駕馭宇宙之才，此實屬雄心大誌，…盡臻盡善。
雖然培根是科學的指路人，但是他自己卻不是壹位科學家，也跟不上他的同時代人所取得的進展的步伐。他忽略了納皮爾（新近發明了對數）和開普勒，甚至還有他的英國同伴威廉·哈維。培根正確地指出熱是壹種運動形式—— 壹個重要的科學學說，但是在天文學上他卻拒絕接受哥白尼的學說。不過人們應該記住培根不是要提出壹套完整、正確的科學定律，而是要提出壹個應該學什麽的概說。他的科學猜想意在作為進壹步探討的起點而不是作為終極的結論。
弗朗西斯·培根並不是最先認識到歸納推理用途的人，也不是最先理解科學會給社會帶來各種可能利益的人。但是在他以前沒有人如此熱情而廣泛地發表這些思想。而且部分由於培根是壹位好作家，部分由於他作為壹位主要政治家的名氣，他對待科學的觀點在實際上產生了巨大的影響。1662年當為了促進科學知識的增長而創建倫敦皇家學會時，創建者們稱培根為他們的啟靈人。而且當在法國啟蒙運動期間編纂大部頭的《百科全書》時，主要的編纂者們如狄德羅和阿朗貝爾贊譽培根是他們的作品的啟靈人。如果說《新工具》和《新亞特蘭提斯島》今天比過去壹度曾有的讀者少了，這是因為它們的寓意已被廣泛地接受。
人們有理由把培根與另壹位即將來臨的科學時代的先驅勒內·笛卡爾相提並論。培根比笛卡爾早壹代人（三十年）。他比笛卡爾更多地強調觀察和實驗的重要性，但是這位法國人重大的數學發明使這種對比的天平稍微向有利於他的壹邊傾斜。