1、發票的監管指定印制企業不同：
增值稅專用發票由國務院主管稅務部門指定的企業印制；
其他發票，則分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。
2、票面內容不同：增值稅專用發票票面上印有增值稅專用發票字樣，普通發票則有增值稅普通發票字樣；
3、發票使用人不同：
增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人領購使用並開具；小規模納稅人需要開具的，只能由當地的地稅機關代開；
普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用開具，但是未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購。
4、發票的聯次不同：
增值稅專用發票壹般來說有至少有三聯，發票聯、抵扣聯、記賬聯；
普通發票壹般來說有兩聯，發票聯和記賬聯。
5、發票的作用不同：
（1）對於壹般納稅人開票企業來說，不管其開具專票或者普票其都要繳納增值稅銷項稅；
（2）對於小規模納稅人開票企業來說，只有委托稅務局代開專票時需要即時繳納增值稅銷項稅額，其他可以按照月銷售額不超3萬或者季銷售額不超9萬享受免征增值稅的優惠政策；
（3）而對於壹般納稅人購貨企業來說，其取得的增值稅專票可以抵扣進項稅；但其取得普通發票卻不能抵扣進項稅；
（4）對於小規模納稅人購貨企業來說，收到的兩種發票均不可以抵扣.
法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法實施細則》第三條
發票的基本聯次包括存根聯、發票聯、記賬聯。存根聯由收款方或開票方留存備查；發票聯由付款方或受票方作為付款原始憑證；記賬聯由收款方或開票方作為記賬原始憑證。
省以上稅務機關可根據發票管理情況以及納稅人經營業務需要，增減除發票聯以外的其他聯次，並確定其用途。第七條全國統壹的發票防偽措施由國家稅務總局確定，省稅務局可以根據需要增加本地區的發票防偽措施，並向國家稅務總局備案。
發票防偽專用品應當按照規定專庫保管，不得丟失。次品、廢品應當在稅務機關監督下集中銷毀。第十條監制發票的稅務機關根據需要下達發票印制通知書，被指定的印制企業必須按照要求印制。
發票印制通知書應當載明印制發票企業名稱、用票單位名稱、發票名稱、發票代碼、種類、聯次、規格、印色、印制數量、起止號碼、交貨時間、地點等內容。