齊齊哈爾市國家稅務局機關內設機構12個、直屬機構1個、事業單位3個，級別均為正科級。
（壹）內設機構
1、辦公室
制定局機關和本系統的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、督查督辦、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；制定辦公規章制度；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
2、政策法規處
進行有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度；負責稅收資料調查工作；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；承辦重大稅收案件審理的日常工作；負責稅務行政訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽把關、稅收檢查案件的復查復審以及配合審計、財政監督等部門的外部監督工作。
3、流轉稅管理處
負責流轉稅稅政業務並對其執行情況進行監督檢查；擬訂有關流轉稅征收管理的具體辦法；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理及推廣應用工作。
4、所得稅管理處
負責所得稅稅政業務並對其執行情況進行監督檢查；擬訂有關所得稅征收管理的具體辦法；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。
5、國際稅務管理處
負責國際稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務審計、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責現行涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。
6、進出口稅收管理處
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核審批、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反避稅檢查。
7、征收管理處
組織實施綜合性稅收征管法律、法規、規章制度和辦法；組織實施稅源管理和納稅服務；負責稅收征管質量考核；負責征管文書和征管檔案管理；負責稅收征管軟件和除涉及增值稅防偽稅控系統以外的稅控器具的推廣和應用；負責個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責普通發票管理制度建設；負責對普通發票承印企業的管理；負責企業自印發票的審批及審核上報。
8、計劃統計處
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計和信息數據的分析匯總；承擔納稅人申報納稅信息的集中處理和會統核算工作，組織並檢查稅款入、退庫；負責稅源資料的調查和測算，進行稅收分析，監控重點稅源；負責監督檢查稅收票證的使用情況。
9、財務管理處
負責本系統經費、財務、基本建設、裝備和資產的管理工作；組織內部審計和政府采購工作；負責機關財務管理及所屬單位的財務管理和監督。
10、人事教育處
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、錄用、調配、交流、辭退、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作;負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔工作；負責本系統思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責本系統目標管理考核工作。
離退休幹部管理辦公室(副科級，掛靠人事教育處)。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
11、監察室
負責對本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及有關法律、法規、政策情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級管理幹部信訪舉報、違法違紀案件和系統內重大案件查處工作。
機關黨委辦公室：負責局機關和直屬機構、事業單位的黨務、紀律檢查、工會、***青團、婦聯工作；負責市局機關精神文明建設和思想政治工作及計劃生育工作。
12、辦稅服務廳：負責各縣（市）、區車輛購置稅征收工作。包括：車輛購置稅征收；車輛價格信息采集；申請減免稅車輛審核與報批；車輛轉籍、過戶、變更手續；特殊車輛資格認證和完稅車輛檔案日常管理。
（二）直屬機構
稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計劃確定的重點行業和稅務違法案件的檢查和處理工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收舉報案件的受理、轉辦和查處；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
稽查局內設機構5個，級別為正股級。分別是綜合選案科、案件審理科、案件執行科、檢查壹科、檢查二科。
（三）事業單位
1、信息中心
組織稅收管理、綜合行政管理等信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡與涉稅信息等綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓工作；負責計算機設備的維修、維護、調配管理。
2、機關服務中心
擬定局機關後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織管理工作；負責局機關綜合治理工作；負責局機關辦公物品的采購、保管、分配和維修工作；負責局機關房產管理、安全保衛、醫療保健等工作；負責局機關裝備管理。
3、票證中心
負責增值稅專用發票的計劃、接收、發放和保管工作；負責普通發票的計劃、印制、發放和保管工作；負責編制上報普通發票防偽用品計劃和日常管理工作；根據征管部門的審批意見，負責安排企業自印發票的印制；協助有關部門查處偽造、倒賣、私印發票等違法犯罪行為；協助有關部門監督檢查納稅人發票使用情況；負責向上級報送稅收票證的領用計劃，向同級計劃統計部門提供領、用、存季報表；負責稅收票證的領取、發放、保管和繳銷工作。