法律分析：企業搬遷應分為政策性搬遷與非政策性搬遷兩種情況進行不同的稅務處理：
壹、政策性搬遷
企業政策性搬遷，是指由於社會公***利益的需要，在政府主導下企業進行整體搬遷或部分搬遷。
1、土地使用權補償費：
(1)不征增值稅。
(2)政策依據是《關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅[2016]36號)附件3：“壹、下列項目免征增值稅(三十八)土地所者出讓土地使用權和土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者。”
2、房屋建築物(含裝修、附屬物)：
(1)如果房屋建築物為2016年4月30日前取得，則可選擇簡易計稅法，按照取得的房屋建築物補償收入扣除取得房屋建築物時的作價後的余額為銷售額，按照5%的征收率計算應納稅額。也就是說，對超過取得原值部分的補償收益繳納增值稅。
(2)如果房屋建築物2016年5月1日後取得，則應選擇壹般計稅法，按照取得的房屋建築物補償收入作為銷售額，按照11%的稅率計算應納稅額，尚未抵扣完畢的待抵扣項稅額，允許從當期銷售稅額中抵扣。
3、機器設置的補償：
(1)若不能搬遷，經移動後即滅失，只能拆除處理，則應該按照處置使用過的固定資產計算繳納增值稅。
(2)若搬遷後可以繼續使用，收到的補償費應該是對其搬運、安裝的補償，應分別運輸服務、安裝服務繳納增值稅，搬遷時實際發生的運輸服務、安裝服務費進項稅額可以抵扣。
4、各類補助費用補償
對於拆遷企業收到的停工補助、搬遷補助、過渡補助費，是作為因為政府政策性搬遷對拆遷企業的政策性補償，實際是政府支付的違約金，不屬於增值稅征稅範圍，不征增值稅。
二、非政策性搬遷
企業與企業之間，企業與個人之間的市場收購轉讓土地使用權或處置相關資產的行為，則屬於非政策性搬遷即商業性的搬遷。如果沒有政府部門拆遷公告及搬遷收回土地使用權的正式文件，對於具有該土地使用權的單位和個人通過市場行為轉讓的土地使用權及土地的建築物等取得的收入應該按照“轉讓土地使用權”或“銷售不動產”稅目繳納增值稅。
法律依據：《中華人民***和國土地增值稅暫行條例》 第八條 有下列情形之壹的，免征土地增值稅：
（壹）納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的；
（二）因國家建設需要依法征收、收回的房地產。