關於購進貨物和有關應稅勞務的非正常損失不能抵扣的問題，現行《增值稅暫行條例》第十條規定，購進貨物和有關應稅勞務的非正常損失以及在產品、產成品中耗用的購進貨物或者應稅勞務的非正常損失，不能從銷項稅額中抵扣。《增值稅暫行條例實施細則》第二十四條規定，條例第十條第(二)項所稱非正常損失，是指因管理不善造成的被盜、丟失、黴變等損失。
新的《增值稅暫行條例》及其細則，首先增加了非正常損失的“有關應稅勞務”不得扣除的規定，是指與購進貨物有關的應稅勞務，如運輸費用、加工修理等。二是消除自然災害損失。原細則規定，非正常損失的進項稅額不得抵扣，包括自然災害損失。三是刪除了原細則中規定的“其他非正常損失”，因為不夠明確，不利於操作。
企業購買貨物及相關應稅勞務發生非正常損失的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。企業在貨物非正常損失前已實際申報並抵扣所購貨物的增值稅進項稅額的，應當在貨物非正常損失發生的當期轉出該貨物的進項稅額。
首先，企業要對損失的存貨是否屬於非正常損失有壹個正確的判斷。其次，是正確計算不能從銷項稅中抵扣的進項稅。根據涉及的進項稅計算方法的不同，非正常損失存貨可分為三種典型情況:原材料無運費、原材料有運費、產成品和半成品。正確把握以上兩點，在處理存貨非正常損失時，能夠符合稅法和企業會計制度的規定。以這家企業為例:經營不善造成的損失，按照增值稅暫行條例認定為非正常損失。上例中，某企業原材料非正常損耗涉及的進項稅額=5000×17%=850元，應轉出。被盜原材料非正常損失涉及的進項稅額=(18000-1500)×17%+1500÷(1-7%)×7% = 2917.9。
自然災害造成的損失不需要轉出進項稅。修訂後的細則體現了人性化的理念，原細則規定的非常損失中刪除了自然災害損失，因此不需要轉出進項稅。假設這部分產成品為非正常損耗，應作為進項稅轉出，即其消耗的購進貨物或應稅勞務所涉及的進項稅。應轉出為進項稅= 60000×50%×17% = 5100(元)。
折扣產品的應計銷項稅。因設備更新不能使用，準備打折的半成品，不在非正常損失範圍內。應納稅額應該是根據銷售額計算的銷項稅額減去根據材料計算的進項稅額，不涉及進項稅額。
資產評估減值不是非正常損失。根據《國家稅務總局關於企業改制中資產評估減值造成流動資產損失進項稅額抵扣問題的批復》(國〔2002〕1103號)，明確《增值稅暫行條例實施細則》規定，非正常損失是指生產經營過程中正常損失以外的損失。企業流動資產未因資產評估減值而發生損失或毀損，但市場變化，價格下降，價值減少的，不屬於《增值稅暫行條例實施細則》規定的非正常損失，進項稅額不予轉出。因此，在評估清算減值損失時，不需要轉出進項稅。
同時，根據《企業財產損失所得稅前扣除管理辦法》，有確鑿證據表明財產損失已經形成或者已經發生永久性或者實質性損害的，應當在扣除變價收入、可收回金額、負債和保險賠款後，確認財產損失。企業發生的上述損失，允許在申報企業所得稅時扣除。其中，存貨損失和自然災害損失按其賬面價值扣除保險理賠和責任賠償後的余額，經稅務機關批準後方可扣除。