48號文重點對企業重組特殊性稅務處理的申報管理和後續管理事項進行了規範和修訂，改變了管理方式，並重新設計了報告表和附表，規範了申報材料，優化了征管流程。主要內容如下：
1、改變企業重組特殊性稅務處理的申報流程
59號文第十壹條規定：“企業發生符合本通知規定的特殊性重組條件並選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，壹律不得按特殊重組業務進行稅務處理。”
4號文第十六條規定：“企業重組業務，符合《通知》規定條件並選擇特殊性稅務處理的，應按照《通知》第十壹條規定進行備案；如企業重組各方需要稅務機關確認，可以選擇由重組主導方向主管稅務機關提出申請，層報省稅務機關給予確認。”
本次出臺的48號文則將上述做法改變為年度匯算清繳時進行申報並提交相關資料，具體為第四條規定：“企業重組業務適用特殊性稅務處理的，除財稅[2009]59號文第四條第（壹）項所稱企業發生其他法律形式簡單改變情形外，重組各方應在該重組業務完成當年，辦理企業所得稅年度申報時，分別向各自主管稅務機關報送《企業重組所得稅特殊性稅務處理報告表及附表》和申報資料。合並、分立中重組壹方涉及註銷的，應在尚未辦理註銷稅務登記手續前進行申報。
重組主導方申報後，其他當事方向其主管稅務機關辦理納稅申報。申報時還應附送重組主導方經主管稅務機關受理的《企業重組所得稅特殊性稅務處理報告表及附表》（復印件）。”
由上述對比可知，若企業重組業務適用特殊性稅務處理，應在辦理企業所得稅年度申報的同時報送相關的材料，這樣減少了審批流程，減輕了企業的負擔。
此外，48號文還重新設計了報告表和相關附表，對於企業重組業務適用特殊性稅務處理進行申報的材料進行了明晰。在4號文中，相關申報材料並不十分明確，無論是債務重組還是股權收購等其他重組情形，均要求相關企業提交“稅務機關要求提供的其他資料”，但這樣的表述對於申報企業而言顯然十分模糊。48號文則以《企業重組所得稅特殊性稅務處理申報資料壹覽表》的形式將需要企業提供的材料壹壹進行了明確列舉，如對於債務重組各方，僅需根據要求提供7項材料即可，便於企業操作。
2、對企業重組特殊性稅務處理申報中的壹些具體事項進行了明確
（1）明確了申報主體和流程
4號文僅規定：“同壹重組業務的當事各方應采取壹致稅務處理原則，即統壹按壹般性或特殊性稅務處理”（見4號文第四條之規定），48號文則明確了重組各方應按照規定進行申報並提交相關材料，並明確規定重組主導方申報後，其他當事方應持經重組主導方主管稅務機關受理的報告表及附表和申報材料向其主管稅務機關申報（見48號文第四條之規定）。這壹規定明確了申報義務主體為重組各方，同時也明確了申報的具體流程。
（2）調整了重組各方的概念
如上所述，48號文明確了重組各方應按照規定進行申報。重組各方的概念在4號文中有詳細的規定，但48號文對這壹概念進行了略微調整，具體如下表：
表1 重組各方的認定
4號文的規定 48號文的規定
債務重組 債務人、債權人 同4號文的規定
股權收購 收購方、轉讓方、被收購企業 同4號文的規定
資產收購 轉讓方、受讓方 轉讓方、收購方
企業合並 合並企業、被合並企業、各方股東 合並企業、被合並企業、被合並企業股東
企業分立 分立企業、被分立企業、各方股東 分立企業、被分立企業、被分立企業股東
由上表對比可知，對於資產收購重組各方的認定，48號文將4號文規定的“受讓方”調整為“收購方”，系用詞上的調整，更為精確；對於企業合並和企業分立重組各方的認定，48號文將4號文規定的“各方股東”分別調整為“被合並企業股東”、“被分立企業股東”，對4號文規定的主體範圍進行了限縮。此外，48號文還明確規定：對於股權收購中轉讓方、合並中被合並企業股東和分立中被分立企業股東，可以是自然人，對於當事各方中的自然人應按個人所得稅的相關規定進行稅務處理。
（3）調整了重組主導方的概念
根據48號文的規定，其他當事方的申報要以重組主導方的申報為前提。對於重組主導方的概念，在4號文中也有規定，48號文對這壹概念也進行了調整，具體如下表：
表2 重組主導方的認定
4號文的規定 48號文的規定
債務重組 債務人 同4號文的規定
股權收購 股權轉讓方 股權轉讓方，涉及兩個或兩個以上股權轉讓方，由轉讓被收購企業股權比例最大的壹方作為主導方（轉讓股權比例相同的可協商確定主導方）
資產收購 資產轉讓方 同4號文的規定
企業合並 吸收合並為合並後擬存續的企業，新設合並為合並前資產較大的企業 被合並企業，涉及同壹控制下多家被合並企業的，以凈資產最大的壹方為主導方
企業分立 被分立的企業或存續企業 被分立企業
由上表對比可知，對於股權收購重組各方的認定，48號文在4號文規定的基礎上，對涉及兩個或兩個以上股權轉讓方時重組主導方的認定加以明確；對於企業合並，48號文將重組主導方認定為被合並企業，新設合並的情形重組主導方的認定未變；對於企業分立，48號文將重組主導方的認定限定為被分立企業，是對4號文相關規定的限縮。
（4）調整了企業重組日的概念
重組企業辦理企業所得稅年度申報的時間為重組業務完成當年，而重組業務完成當年則是指重組日所屬的企業所得稅納稅年度。對於重組日如何界定，在4號文中有所規定，而48號文對4號文的規定進行了調整，具體如下表：
表3 重組日的認定
4號文的規定 48號文的規定
債務重組 以債務重組合同或協議生效日為重組日 以債務重組合同（協議）或法院裁定書生效日為重組日。
股權收購 以轉讓協議生效且完成股權變更手續日為重組日 以轉讓合同（協議）生效且完成股權變更手續日為重組日。關聯企業之間發生股權收購，轉讓合同（協議）生效後12個月內尚未完成股權變更手續的，應以轉讓合同（協議）生效日為重組日
資產收購 以轉讓協議生效且完成資產實際交割日為重組日 以轉讓合同（協議）生效且當事各方已進行會計處理的日期為重組日
企業合並 以合並企業取得被合並企業資產所有權並完成工商登記變更日期為重組日 以合並合同（協議）生效、當事各方已進行會計處理且完成工商新設登記或變更登記日為重組日。按規定不需要辦理工商新設或變更登記的合並，以合並合同（協議）生效且當事各方已進行會計處理的日期為重組日
企業分立 以分立企業取得被分立企業資產所有權並完成工商登記變更日期為重組日 以分立合同（協議）生效、當事各方已進行會計處理且完成工商新設登記或變更登記日為重組日
此外，4號文第八條規定：“重組業務完成年度的確定，可以按各當事方適用的會計準則確定，具體參照各當事方經審計的年度財務報告。由於當事方適用的會計準則不同導致重組業務完成年度的判定有差異時，各當事方應協商壹致，確定同壹個納稅年度作為重組業務完成年度”，該條規定也被48號文廢止。
（5）調整了“合理商業目的”的說明範圍
根據59號文，適用特殊性稅務處理規定的企業重組需滿足“具有合理的商業目的”這壹條件 ，而4號文規定，在企業備案或提交確認申請時，應按照規定詳細說明重組具有合理的商業目的。48號文對如何說明合理商業目的也進行了調整，具體如下表：
表4 合理商業目的的說明
4號文的規定 48號文的規定
重組活動的交易方式。即重組活動采取的具體形式、交易背景、交易時間、在交易之前和之後的運作方式和有關的商業常規 重組交易的方式
該項交易的形式及實質。即形式上交易所產生的法律權利和責任，也是該項交易的法律後果。另外，交易實際上或商業上產生的最終結果 重組交易的實質結果
重組活動給交易各方稅務狀況帶來的可能變化 重組各方涉及的稅務狀況變化
重組各方從交易中獲得的財務狀況變化 重組各方涉及的財務狀況變化
重組活動是否給交易各方帶來了在市場原則下不會產生的異常經濟利益或潛在義務 取消
非居民企業參與重組活動的情況 同4號文的規定
從上表中可看出，48號文對如何說明重組是否具有合理的商業目的進行了調整，總體而言變得更加簡練，如不再要求要求企業說明“重組活動是否給交易各方帶來了在市場原則下不會產生的異常經濟利益或潛在義務”，對於“重組活動的交易方式”、“該項交易的形式及實質”的說明，也刪除了後面的具體要求。但事實上，雖然48號文的規定變得簡練，企業在說明重組活動的交易方式等內容時恐怕也會被相關機關要求按照4號文的標準進行詳細說明，當然，具體如何把握還需看48號文在實踐中的運用情況。
（6）細化了“分步交易”的申報流程
59號文第十條規定：“企業在重組發生前後連續12個月內分步對其資產、股權進行交易，應根據實質重於形式原則將上述交易作為壹項企業重組交易進行處理”，該條規定十分模糊，操作性不強。
48號文對涉及到分步交易的特殊性稅務處理進行了細化，第七條規定：“若同壹項重組業務涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度，當事各方在首個納稅年度交易完成時預計整個交易符合特殊性稅務處理條件，經協商壹致選擇特殊性稅務處理的，可以暫時適用特殊性稅務處理，並在當年企業所得稅年度申報時提交書面申報資料。
在下壹納稅年度全部交易完成後，企業應判斷是否適用特殊性稅務處理。如適用特殊性稅務處理的，當事各方應按本公告要求申報相關資料；如適用壹般性稅務處理的，應調整相應納稅年度的企業所得稅年度申報表，計算繳納企業所得稅。”