1.登錄稅務局網站:憑企業納稅人識別號(稅號)和密碼登錄地稅局網站；
2.選擇申請證書:在稅務局網站選擇申請證書，然後選擇申請企業的零稅率完稅證明；
3.填寫申請表:根據網站的提示，填寫申請表中的相關信息，如企業名稱、納稅人識別號、期間等。
4.上傳附件:如需上傳相關附件，如營業執照、財務報表等，可在網站上傳；
5.提交申請:完成申請後，確認申請信息無誤後，提交申請，等待稅務機關審核處理；
6.獲取證明:如果申請通過，可以到當地稅務局或辦稅服務中心獲取企業零稅率完稅證明。
辦理企業零稅率完稅證明需要提供以下資料:
1.營業執照、組織機構代碼證原件及復印件；
2.企業稅務登記證原件及復印件；
3.最近壹年的企業所得稅申報表和納稅證明原件及復印件；
4.企業銀行開戶許可證原件及復印件；
5.企業銀行賬戶原件及復印件；
6.企業法人或負責人身份證明原件及復印件。
綜上所述，具體申請流程和要求可能因地區而異，所以最好在申請前了解當地稅務機關的相關規定和政策，以便順利完成證書的申請和領取。
法律依據:
《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十二條
納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料，或者扣繳義務人未按照規定的期限向稅務機關報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表及有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，可以處以二千元以上壹萬元以下的罰款。