我國《稅收征管法》明確了納稅人的延期納稅申報權、延期納稅權、申請減免稅權、申請退稅權、要求保密權等權利，以及依法納稅申報、稅務檢查等各種義務。基於這些基本權利和義務，《辦法》特別賦予納稅人以下權利和義務:
納稅人的權利
1.有權向稅務機關了解和咨詢《辦法》的具體規定和與具體納稅程序有關的信息。
2.與稅務機關就未來關聯交易的定價原則和計算方法達成預約定價安排的權利；企業與其關聯方簽訂成本分攤協議的權利；案頭審查階段主動向稅務機關提交同期資料的權利；主動對自身關聯交易進行自我調整的權利。
3.申請延期的權利。包括延遲提供相關資料、延遲申報和延遲繳納稅款的權利。未按期申報關聯交易的納稅人，根據稅收征管法及其實施細則的有關規定，可以延期申報。此外，納稅人還應繳納特別納稅調整的附加稅和利息，如果按期納稅有特殊困難，還可以按照規定延期納稅。
4.要求稅務機關及其工作人員按照相關保密規定保管和使用其提交的資料。
5.避免雙重征稅的權利。關聯交易壹方發生轉讓定價調整的，納稅人可以要求另壹方向稅務機關進行相應調整，或者進行協商消除重復征稅。
6.有權對稅務機關作出的調整決定進行陳述、異議、申辯、咨詢、申請行政復議和提起行政訴訟。
7.符合條件的納稅人可以依法享有免於同期準備材料的權利。享有在境外繳納企業所得稅的減免稅權。
(2)納稅人的義務
1.依法與關聯企業進行業務往來的義務。
關聯企業之間的業務往來，應當按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付費用。依法核算與關聯企業的業務往來是納稅人的法定義務。關聯企業不按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用，減少其應納稅所得額的，稅務機關有權進行合理調整。
2.依法辦理相關申報的義務。
實行查賬征收的居民企業和在中國境內設立機構、場所並如實申報納稅的非居民企業，在向稅務機關報送年度企業所得稅申報表時，應報送9份相關申報表。
3.接受轉讓定價調查的義務。
被調查企業必須如實報告其關聯交易情況，提供相關資料，不得拒絕或隱瞞。
4.提供信息的義務。
(1)及時提供信息的義務。
納稅人除了通過稅務登記和納稅申報向稅務機關提供涉稅信息外，還應及時提供其他信息。納稅人有倒閉、擴大經營規模、遭受各種災害等特殊情況的，應及時向稅務機關說明，以便稅務機關妥善處理。企業有義務對境外關聯方的相關信息提供公證機構的證明。
(2)準備、保存和提供同期信息的義務。
企業應當按照納稅年度和稅務機關的要求，編制、保存和提供其同期關聯交易的信息。案頭審查階段向稅務機關提交同期資料；跟蹤管理期間，應按時提供跟蹤年度同期信息，異常情況自行調整。申請預約定價時，應按要求提供文件，並妥善保管所有文件。達成費用分攤協議的，須於次年6月20日前向稅務機關提供費用分攤協議同期信息。
(3)共同提供證據的義務。
企業關聯方和可比企業應在與稅務機關約定的期限內提供相關資料，壹般不超過60日。
5.納稅人必須在稅法規定的期限內繳納稅款。企業收到《專項稅務調查調整通知書》後，應在規定期限內繳納稅款及利息。
6.納稅人發生合並、分立時，應當向稅務機關報告。納稅人合並或者分立後，應當繼續履行同期相關申報、數據準備和保存等義務或者承擔連帶責任。
二、納稅人的應對措施
《辦法》的實施意味著轉讓定價管理將日趨嚴格和規範，企業應及時采取有效的轉讓定價措施，積極應對。對於持續發展的企業供應鏈結構而言，轉移定價可能對所得稅和流轉稅的稅負產生重要影響，企業應采取適當行動降低轉移定價風險。
1.按照獨立交易原則安排關聯交易，定期審查轉讓定價安排，評估自身轉讓定價風險。
跨國企業應將企業的轉讓定價和稅負作為壹個整體來考慮。如果企業不按照獨立交易的原則開展業務，轉讓價格會受到稅務機關的質疑。這就需要企業提前精心規劃，及時嚴格控制，事後及時檢討調整。任何轉讓定價的調查和調整，不僅存在潛在的重復征稅風險，還會對公司聲譽造成壹定的影響。
2.申請預約定價安排和費用分攤協議，降低轉讓定價的不確定性。
預約定價安排是企業控制轉讓定價稅務審計風險的重要手段。通過事先與稅務機關就轉讓定價進行談判，企業可以充分有效地管理和控制相關風險。但企業在向稅務機關提出預約定價安排前，應結合自身實際情況充分考慮相應的成本和風險。成本分攤協議是壹個新概念，它提出了壹種有效合理的安排集團無形資產和服務的方式，可以有效避免支付特許權使用費。
3.合理申報關聯交易，依法準備、保存和提供同期信息。
正確認識自身的轉讓定價風險可以幫助企業更好地管理轉讓定價風險。例如，如果企業在定期提交關聯企業業務交易年度報告時，能夠對其關聯方交易有壹個客觀、全面的了解，將有利於企業編制和報送信息。積極嚴謹地準備同期數據，既能全面分析關聯交易，又能避免罰息的發生。
4.正確應對反避稅調查。
上述風險控制和文件準備都是避免正式轉讓定價調查的有效途徑。如果正式轉入定價調查，也要正確處理，配合稅務機關的調查。
5.積極發揮中介作用。
轉讓定價通常是壹個國際問題。合格的中介機構可以在稅務和企業之間就轉讓定價問題進行溝通交流時起到橋梁作用，有利於多方溝通順暢。
6.關聯企業之間的業務安排應具有合理的商業目的，並避免壹般的反避稅調查。
當然，《辦法》只是簡單提到了壹般的反避稅管理和受控外國公司，納稅人需要密切關註未來更多規定的出臺。