辦法明確提出，稅前扣除憑證管理應當遵循真實性、合法性和關聯性原則。再次強調企業應當取得費用稅前扣除憑證，作為計算企業所得稅應納稅所得額時扣除相關費用的依據。
企業在開具發票或其他對外憑證過程中，因被依法註銷、撤銷、吊銷營業執照、被稅務機關認定為非正常戶等特殊原因無法開具發票或其他對外憑證的，其費用經以下信息確認費用真實性後，可在稅前扣除:
1.未能補發或換領發票等外部憑證的原因證明(包括工商註銷、機構註銷、納入異常經營戶、破產公告等證明。)
2.相關業務活動的合同或協議；
3.以非現金方式支付的支付憑證；
4、貨物運輸證明；
5.貨物入庫和入庫的內部憑證；
6、企業會計記錄等資料。
《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第二十八條企業發生的支出，應當區分收益性支出和資本性支出。收入支出直接在當期扣除；資本性支出應當分期扣除或者計入相關資產成本，不得在當期直接扣除。
企業非稅收入形成的用於支出的費用或財產，不得扣除或計算相應的折舊和攤銷扣除。
除企業所得稅法和本條例另有規定外，企業實際發生的成本、費用、稅金、損失和其他費用不得重復扣除。
第三十二條企業所得稅法第八條所稱損失，是指因存貨盤虧、固定資產和存貨毀損報廢、轉讓財產損失、壞賬損失、壞賬損失、自然災害等不可抗力因素造成的損失。
企業發生的損失，在扣除對責任者的賠償和保險賠款後，按照國務院財政、稅務主管部門的規定扣除。
企業已經作為損失處理的資產，在以後納稅年度全部或者部分收回時，計入當期損益。