分支機構和子公司之間的權衡
《公司法》第十四條規定:“子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任；分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”企業設立分支機構，使其不具備法人資格，不進行獨立核算的，可以由總機構繳納企業所得稅。這樣總公司可以調節損益，合理減輕企業所得稅負擔。當然，設立分支機構要綜合考慮三個因素:
首先是分支機構的盈虧。當總公司盈利，新成立的分公司可能虧損時，應選擇總公司模式。根據稅法規定，分公司為非獨立納稅人，其虧損可以用總公司的利潤彌補；如果設立子公司，且子公司是獨立納稅人，其虧損只能用以後年度實現的利潤彌補，總公司不能彌補子公司的虧損，也不能沖減對子公司投資的投資成本。
當總公司虧損，新成立的分公司可能盈利時，應選擇母子公司模式；子公司不需要承擔母公司的虧損，而是可以積累發展資金。總行可以把自己的好資產轉讓給子公司，處置不良資產。
其次是享受稅收優惠的情況。根據稅法規定，當總公司享受稅收優惠而分公司不享受時，可以選擇總公司公司模式，這樣分公司也可以享受稅收優惠。如果分公司所在地有稅收優惠政策，當分公司開始盈利時，可以將其註冊分公司變更為子公司，享受當地稅收優惠政策，會收到更好的納稅效果。
第三，是分支機構的利潤分配形式和風險責任。因為分支機構沒有獨立的法人資格，不利於獨立的利潤分配。同時，如果分支機構有風險和相關法律責任，可能會牽連到總公司，而子公司沒有這種顧慮。
選擇分支機構和子公司
根據《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營匯總企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》(國稅發〔2008〕28號)，企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政轉移”的企業所得稅征收管理辦法。即企業總機構統壹計算所有應納稅所得額和應納稅額，包括企業所屬的所有不具有法人資格的營業機構和場所。但總機構和分支機構所在地的主管稅務機關都有在當地設有機構的企業。