總公司是否涉及，要看妳公司在工商註冊中註冊的性質。不知道的話可以從營業執照上看。
如果是《企業法人營業執照》，妳的公司是獨立法人，總公司只是妳公司的股東(出資人)，那麽妳們就是父子關系，妳們兩個公司各自承擔法律責任。妳公司註銷，稅務清算只查妳公司的賬。
如果是“營業執照”，沒有註冊資本，妳的公司就是總公司的分公司。妳們是壹家人，但只是內部單獨核算。妳是樹幹和兄弟的關系。所以註銷的時候要查壹下妳的賬戶，可能還會涉及到總公司。