廈門市地方稅務局於1994年9月由原廈門市稅務局分設成立。市局機關現內設辦公室、政策法規處、稅政壹處、稅政二處、規費處、征收管理處、納稅服務處、計劃財務處、信息技術處（與信息技術分局合署辦公）、人事教育處、機關黨委、監察室12個處級機構及1個機關服務中心（事業編制）；下轄直屬稅務分局、涉外稅務分局、稽查局、信息技術分局4個直屬機構，火炬高技術產業開發區稅務分局、象嶼保稅區稅務分局2個派出機構以及思明、湖裏、集美、海滄、同安、翔安6個區地稅局。