明永樂以後，中國閉關自守。鄭成功為籌集軍餉，在廈門設立五商、十行，以廈門港為中心，積極開展海外及沿海地區的貿易。康熙二十三年（1684年）閩海關在廈門設立。近代的廈門，成為帝國主義列強覬覦之地。鴉片戰爭後簽訂的《南京條約》中，廈門與廣州、上海、寧波、福州壹起，被迫成為對外通商的口岸，也成為中國最早對外開放的城市之壹。改革開放以後，廈門成為經濟特區、副省級單列市。
相比起中原歷史文化名城，廈門歷史不長，建城至今600多年。至於廈門的人類文明史就更長了，20世紀30年代，人類學家、考古學家就多次在本島西南部采集到石錛、石斧，50年代文物普查，曾發現12處新石器時代的文化遺存。最近的翔安考古調查，采集到新石器時代的石斧。