市政工程公司註冊在市區和註冊在縣裏繳納的稅率是否有區別，取決於具體的地區和稅種。在中國，不同地區可能會有不同的稅率政策，但總體來說，稅率應該是相同的。
對於壹般納稅人來說，市政工程施工的增值稅稅率壹般為11%，不論是在市區還是縣裏註冊的公司都適用這個稅率。而對於小規模納稅人來說，增值稅征收率為3%，同樣不區分市區和縣裏。
然而，具體情況可能會受到不同地區稅收優惠政策的調整。壹些地區可能會對特定行業或類型的企業給予稅收優惠政策，但這需要具體分析，不能壹概而論。
除了增值稅之外，市政工程公司可能還需要繳納其他稅種，如企業所得稅、個人所得稅、城市建設維護稅等。這些稅種的稅率也可能會因地區而異，但總體來說，稅率應該是相同的。
綜上所述，市政工程公司註冊在市區和註冊在縣裏繳納的稅率應該沒有本質的區別。如有疑問，建議咨詢當地稅務部門或專業會計師事務所的意見。
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