電子專用發票具備和紙質發票相同的法律效力，可以直接作為原始憑證入賬，也可搜正以用於抵扣。需要註意，電子專用發票沒有銷售方發票專用章，而是采用電子簽名方式來代替蓋章。
電子專用發票申報抵扣步驟（以天津市為例）：
第壹步、連接好稅務UKey，打開瀏覽器，百度進入增值稅發票綜合服務平臺（天津），輸入用戶名和密碼登錄。核對首頁“當前稅款所屬期”是否正確，進入抵扣勾選-發票抵扣勾選模塊，勾選用於申報抵扣的進項增值稅電子專用發票。
第二步、勾選狀態選擇“未勾選”，根據需要輸入或選擇相關查詢條件，點擊查詢按鈕，在勾選操作區會顯示符合查詢條件的發票。勾選納稅人本期需要抵扣的發票，系統默認的有效稅額為發票稅額，可修改並輸入大於零、小於等於發票稅額的實際發生有效稅額，剩余稅額（稅額-有效稅額）則自動構成不抵扣。
第三步、本次需要勾選的發票全部勾選完成後，點擊提交按鈕。
第四步、完成本月全部進項票勾選後，進入抵扣勾選-抵扣勾選統計模塊，完成對當前稅款所屬期勾選數據的統計申請。點擊右上角申請統計，系統將鎖定當期抵扣勾選操作，並顯示當前屬期抵扣合計數據。
第五步、核對統計表數據後，點擊右上角確認按鈕，系統會彈出提示信息對話框，確定保存後，發票統計表中抵基漏乎扣項搏悉下的有效稅額將成為納稅人當期申報的進項依據。
版本信息：以百度13.14版本為例。