稅務部門有沒有水利工程利潤率的文件？

有相關文件。根據國稅函〔2008〕299號文件，預計利潤率暫按以下標準確定:1。位於省、自治區、直轄市和計劃單列市人民政府所在地的市區和郊區的非保障性住房開發項目不低於20%；位於地級市、地區、盟、州、郊區的，不低於15%；位於其他區域的，不低於10%；二、經濟適用住房開發項目，經濟適用住房開發項目符合建設部、國家發展改革委、國土資源部、中國人民銀行關於印發《通知》等有關規定的，不得低於3%。