1、增值稅零申報問題：長期零申報時間長達6個月，稅務機關會核查企業是否存在隱匿收入等問題；
2、稅負率異常問題：即針對企業稅負率異常情況進行評估並調查波動原因；
3、進項發票對比問題：審核企業發票內容是否和實際發生的業務信息壹致；
4、稅收優惠企業認定問題：核查企業是否存在享受優惠政策虛報經營的狀況；
5、農產品發票抵扣問題：防止企業虛開農產品發票抵扣進項稅額；
6、發票用量差異問題：核查企業領用的發票數量、種類等情況與實際發票用量是否符合。