含義不同：稅務稽查是稅務局稽查局、稽查分局對納稅人、扣繳義務人履行納稅義務、扣繳義務情況所進行的檢查工作。經偵是經濟犯罪偵查警察的簡稱，屬於公安部管轄。
職責不同：經偵的主要職責是負責國內經濟案件的偵查，屬於壹個專門的偵查部門，為獲得證明有無犯罪事實、犯罪情節輕重的有關證據以及捕獲犯罪嫌疑人所依法采取的專門的調查措施和強制措施，隸屬於公安部門。稅務稽查的依據是具有各種法律效力的各種稅收法律、法規及各種政策規定，具體包括日常稽查、專項稽查和專案稽查等。