稅務機關稅務稽查的基本程序如下：
案例選擇：根據來源信息決定是否立案
稽查：稅務稽查報告的結果。確需延長檢驗時間的，須經檢驗局局長批準。
試行：稽查結束後，稽查部門應當在5個工作日內將稅務稽查報告、稅務稽查工作底稿和有關證據材料移交審判部門，並辦理交接手續。
審查部門收到稽查部門移交的稅務稽查報告和有關材料後，應當在15日內提出審查意見。但不包括以下時間：
（1） 檢查人員補充調查的時間；
（2） 有時間就政策問題向上級或有關部門請示。
案情復雜，確有必要延長審理期限的，經監察局局長批準，可以適當延長
法律依據:
《中華人民***和國稅收征收管理法》 第十壹條 稅務機關負責征收、管理、稽查、行政復議的人員的職責應當明確，並相互分離、相互制約。