稅務局發布的協查函發票只要符合發票規定，就是合法有效的，納稅人、扣繳義務人按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬簿，根據合法、有效憑證記賬，進行核算。
會計機構、會計人員必須按照國家統壹的會計制度的規定對原始憑證進行審核，對不真實、不合法的原始憑證有權不予接受。