1、機構級別不同，稅務局是轄區稅務的管理機構，稅務所是稅務局領導下的執行機構，稅務局和稅務所屬於上下級關系。
2、職能不同，稅務所的職責是貫徹稅收政策法令，在加強征收管理的基礎上大力組織財政收入，為上級機關編制稅收計劃提供基礎資料，並執行上級稅務機關安排的稅收工作。