需要根據失控發票的產生原因具體分析，壹般不存在補稅和退稅款的問題。
按《關於金稅工程增值稅征管信息系統發現的涉嫌違規增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅函〔2006〕969號文）規定：失控發票，暫時不得抵扣，移交稽查處理。如果是稅務機關的原因造成的，可以抵扣；否則不能用於抵扣。
《國家稅務總局關於失控增值稅專用發票處理的批復》（國稅函〔2008〕607號）明確：如果開票方已經申報並納稅，受票方可以抵扣。程序上要求，開票方主管稅務機關出壹個已繳稅的證明。
1、系統認定為失控發票時，暫停抵扣，等待稽查。不存在“補稅”和“滯納金”的問題。
2、如果是稅務機關原因導致的失控，或者是因為開票方走逃但走逃前此票已經納稅，則查明之後，可以抵扣。納稅人應該關註稅務機關查處的進度。
3、最後，在不構成虛開的前提下，開票方走逃，是開票方的責任。
如果開票方最終落網，不論走行政處理渠道還是刑事處理渠道，則補稅後，收票方也可以抵扣。收票方如果不知道對方被補了稅，或者不知道可以抵扣，也就吃虧了。