根據國務院在我國實施分稅制財政體制及組建中央和地方兩個稅務機構的總體部署，北京市地方稅務局於1994年8月15日正式成立。按照北京市稅務局的部署，北京市昌平縣地方稅務局於1994年8月30日組建成立，它的前身是北京市稅務局昌平縣分局。1999年12月28日，昌平撤縣設區，北京市昌平縣地方稅務局更名為北京市昌平區地方稅務局。