系統比對發現的異常專票信息，由協查系統從稽核系統提取後，自動下發到抵扣方所在地稅務局稽查局，由稽查局將專票信息打印出來通知管理部門接收並進行審核檢查。對不需要再由開票方稅務機關稅務局繼續審核檢查的。
國家稅務總局全國增值稅發票查驗平臺，可以及時查詢收到的增值稅發票的基本信息，可以查詢的範圍為增值稅專用發票，增值稅普通發票含電子普通發票、卷式發票、通行費發票。