根據《中華人民共和國耕地占用稅暫行條例》(國發[1987]27號)等相關法律法規規定，通過招拍掛程序取得的土地，耕地占用稅由競買人繳納。原因如下:1。從耕地占用稅的繳納對象來看，《中華人民共和國耕地占用稅暫行條例》規定:“耕地占用稅的繳納對象是占用耕地建房或者從事其他非農業建設的單位和個人。”受國土資源行政主管部門委托，土地收購儲備機構在土地出讓前期對土地進行整理，實現土地由“土地出讓”向“土地轉讓”的轉變。土地儲備機構不直接取得國有建設用地使用權證，不是具體的土地使用者，沒有繳納耕地占用稅的義務。通過招標、拍賣、掛牌方式取得建設用地使用權的競買人是土地的最終使用者。取得土地的目的是占用耕地進行非農業建設，所以他是繳納耕地占用稅的主體。2.從耕地占用稅的繳納程序看，《中華人民共和國耕地占用稅暫行條例》規定:“耕地占用稅由財政機關征收。獲準征用、占用耕地的單位和個人，應當憑縣級以上土地管理部門的批準文件向財政機關申報納稅。”土地管理部門與儲備部門的關系只是委托與被委托關系，不是行政管理關系，所以沒有相應的批準文件。土地競買人持縣級以上土地管理部門的批準文件，方可向金融機構申報納稅。
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