我們公司用的是網上認證發票系統，那我網上確認後還要拿著抵扣單去稅務部門嗎？

妳不需要向稅務部門提交扣除額。妳要在每個月底打認證結果通知(應該是2份，自己1份，稅務局1份)。申報時要將認證結果通知書和國稅報表裝訂在壹起，帶到稅務部門進行申報。國稅人員可以自己蓋章，帶回公司給自己。每個地稅局的規定都不壹樣。