1.行政區劃:孝南區是縣級行政區，孝感高新區是市級開發區，行政級別不同。
2.功能定位:孝南區是孝感市的主城區之壹，承擔著城市政治、經濟、文化等多種功能。孝感高新區是以高新技術科研生產為主的工業區，重點發展科技產業。
3.經濟發展:在經濟發展方面，孝南區是孝感市的經濟主戰場，城市基礎設施和公共服務相對完善。孝感高新區則更加註重產業發展，吸引企業入駐，推動區域經濟高質量發展。
總體而言，孝感高新區與孝南區在行政區劃、功能定位、經濟發展等方面存在明顯差異。