網上發票認證的操作方法:1。企業必須已完成網上納稅申報並攜帶相關材料到稅務機關復制網上認證密鑰文件；2.登錄企業電子報稅管理系統，在公司數據設置中導入網上認證密鑰文件；3.在系統配置界面，將“本企業采用的認證方式”修改為“輸入發票認證文書到稅務局認證”；4.在進項發票管理下，增加專用防偽稅控進項發票，逐項錄入當月需要認證的發票；5.在進項發票管理下，點擊待認證專用進項發票導出，選擇錄入日期，核對發票清單後確認；6.登錄稅務局網站，打開網上辦稅和發票認證，上傳上壹步生成的待認證單據；7、網上稅務-發票認證標簽頁，選擇要下載的認證結果，下載成功後，再將結果上傳到企業電子報稅管理系統。