1.急性傳染病防治與免疫規劃科（簡稱“防疫科”，原疾控壹科）：急性傳染病控制、免疫規劃、突發事件應急處理；生物制品供應與管理；四害密度監測，消殺滅指導；冷鏈管理（設冷鏈室）。
2.結核病防治科（簡稱“結防科”，原疾控二科）：結核病項目、結核病門診，X線診斷（設放射科）。
3.衛生監測科（簡稱“衛生科”，原疾控三科）： 衛生檢測檢驗樣品資料，檢測報告編制與審核，質量管理技術指導；農村飲用水監測，衛生監測，學校衛生、勞動衛生與職業病防治；急慢性中毒預防與控制；學校傳染病監測預警與免疫監測。
4.性病、艾滋病、麻風病防治科（簡稱“性艾麻防治科”，原疾控四科，下設美沙酮門診）： 性病、艾滋病、麻風病防治；美沙酮門診管理；省艾滋病幹預項目（設VCT室）；殘老村管理，鹽南後勤管理。
5．健康教育科：健康教育與健康促進、健康宣傳。
6、慢性病防治科：慢性非傳染病防治。
7.衛生檢驗科：理化、微生物檢驗、臨床檢驗；高危人群HIV檢測；重點人群免疫檢測；項目相關檢驗檢測。
8.預防醫學門診部（皮膚性病專科門診）：預防接種；從業人員體檢、健康人群預防性體檢；職工保健，常見病、皮膚病診治；輔助科室管理，協調與管理健康檢查、結核病門診；承擔特殊人群性病監測、門診性病監測和疫情登記報告任務（設皮膚病專科，高血壓專科，體檢中心）。