1.與員工溝通，同意在後期申報中調整收入，以平衡預扣稅款；
2.員工可以選擇在年度匯算清繳時申請退稅。此時，他們只需更正當月的申報數據，無需調整賬目；
3.如果工資未多扣稅款，但前期申報的數據需要更正，則將退稅金額退回單位，相應會計分錄為借方:應納稅款-個人所得稅，貸方:其他應付款-退稅。
個稅的稅率結構:
1，個稅的稅率結構分為綜合所得稅率和分類所得稅率；
2.綜合所得稅率適用於工資、薪金所得，以及勞務報酬、特許權使用費和特許權使用費所得。
3.分類所得稅率適用於經營所得、財產租賃所得、財產轉讓所得、偶然所得、利息、股息、紅利所得等。
4.個稅的稅率根據收入分為幾檔，從3%到45%不等。
綜上所述，當預繳稅款過多時，員工可以通過與單位溝通，調整後期申報的收入，在年度匯算清繳中申請退稅，或者單位對前期申報的數據進行修正後返還退稅金額，並相應調整會計分錄，保證稅款的正確繳納和退還。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第十壹條
居民個人取得綜合所得時，按年計算繳納個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次扣繳預繳稅款；需要結算的，應當在次年3月1日至6月30日內結算。代扣代繳辦法由國務院稅務主管部門制定。