壹般市政府會收40%的營業稅，其他稅收留給各區縣財政。但是關於崇明島，上海市政府把營業稅的100%留給了崇明。因此，在上海崇明註冊的公司，可以享受崇明當地政府給予的高額退稅優惠政策，壹般營業稅可以返還給企業40-45%。
崇明註冊公司企業所得稅優惠政策:
企業所得稅，國家拿走60%，地方只需要40%。上海市政府將100%的企業所得稅留給崇明島。關於企業所得稅的退稅，上海崇明在實踐中壹般可以退回到16-18%繳納的營業稅。
崇明註冊公司增值稅優惠政策:
增值稅中，75%屬於國家財政，25%屬於地方財政。上海市政府將企業繳納的25%增值稅全部留給崇明島。在上海崇明島註冊的公司壹般可以獲得7-9%的增值稅退稅。
備註:壹般只有註冊在上海崇明開發區的公司才能享受退稅優惠政策。
崇明島有很多開發區，每個開發區的退稅份額和退稅方式都不壹樣。
崇明島對外資企業的優惠政策；
崇明還專門設立了外商投資的政策，有專門的開發區供外商投資開發，從而建設崇明島高科技工業園區。
外商稅收待遇:對外商投資3000萬美元以下的開發區外資企業，縣政府給予其實繳所得稅的37.5%。