快遞公司丟失發票的賠償標準是:按照全損賠償，有約定的，按照約定的保險金額全額賠付。沒有約定的，參照快件丟失賠償的相關規定執行。壹般按交貨時或應交貨時貨物到達地的市場價格計算。
法律客觀性:
中華人民共和國發票管理辦法第二十八條開具發票的單位和個人應當在辦理變更或者註銷稅務登記的同時，辦理發票和發票領購簿的變更和註銷手續。中華人民共和國發票管理辦法第二十九條開具發票的單位和個人應當按照稅務機關的規定保管發票，不得擅自損毀。已開具的發票存根和發票登記簿應當保存5年。保存期滿後，經稅務機關檢查後銷毀。