在發票填開窗口裏有壹個發票作廢壹欄，單點需要作廢的發票，將其點成深色，再點擊下面的作廢按鈕，這張發票就在稅務系統裏作廢了，這才叫真正的作廢，就可以不用上稅了。
然後再對紙質發票作廢，這就是次要的了，如果單位有作廢章，蓋作廢章看起來正規點，如果單位沒有作廢章，就直接用筆寫在發票上（發票自帶復寫，每壹張都作廢了），然後將作廢的三聯發票保管好（很重要，壹定不能遺失），留單位備查就行了。
2、作廢發票必須是當月的發票，如果跨月的發票，是不可能作廢的（系統裏也是不認可的），只能采取開紅字的方式沖掉該發票（開紅沖發票有專門的手續）。
法律依據：《關於修訂增值稅專用發票使用規定的通知》規定，壹般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理;開具時發現有誤的，可即時作廢。