2009年8月至今結合公司特定現狀，采用各職能管理部門垂直管理為主的管理模式：項目運行集中管理（包括市場營銷、合同、生產作業等）、財務集中管理、資源統壹、分配統壹、技術質量和人力資源統壹等，建立各級管理權威，使全公司對各項管理工作的認識、言行高度壹致，確保公司的運行、管理步調壹致。 2009年7月6日經過3年多的準備和籌劃，在內外部條件具備和成熟狀態下，利用全球金融危機的“最好時機”，公司在天津靜海基地召開全面融合正式運行啟動大會。此次會議標誌著兩院將近四年的重組進入了新的階段；標誌著中汽工程公司按新的管理模式並實質性運行的正式開始。 2005年10月至2009年6月底，公司壹邊抓好兩院的基礎管理、企業技術進步、經濟效益保證和積累；壹邊準備重組的體系建設、基礎設施建設。先後實施並階段完成天津靜海基地建設、洛陽遷津職工及子女就學的安置、職工住宅項目建設、長江道辦公樓等基礎保證措施的建設。 2004年根據國機集團確立打造汽車服務貿易板塊的戰略目標，四、五兩院實施戰略重組，經過組織策劃、推進實施、起步運營三個階段。兩院組建的中國汽車工業工程公司選址天津，於2005年9月28日在津註冊，10月28日舉行了揭牌慶典並起步運行。 2000年10月按照國家關於中央所屬工程勘察設計單位體制改革的要求，原國家機械工業局所屬8家勘察設計院進入國機集團。四院、五院同期進入。