主任科員和科長的區別與編制的性質無關。其區別主要在於：
壹、領導權限不同：
主任科員職責略低於科長領導職務的正科級領導職務。
主任科員是正科級，屬於非領導職務，科長是正科級領導職務，在科室裏面，非領導職務受領導職務領導，即使兩人級別相同，但是只有科長說的話才算。
科長，是指壹般行使政府給予的職能，屬於有責任的部門擔任者，在中國國家公務員體系中處於9-13級。根據單位性質的不同，權利和科室的職能差距很大。在企事業單位中，科長屬於中層管理幹部。
《中華人民***和國公務員法》第十六條規定：“公務員職務分為領導職務和非領導職務。”第十七條規定：“綜合管理類的非領導職務分為：巡視員、副巡視員、調研員、副調研員、主任科員、副主任科員、科員、辦事員。”
二、實職和虛職的區別
科長是實職，而主任科員是虛職，實職必須有編制，而虛職不占編制，只要符合條件就正常晉職。壹般情況下，副科長到科長是三年。
三、職務工資上有區別：
實職正科級略高於主任科員。各省職務工資規定不同，壹般同壹年參加工作的正科級領導職務和非領導職務的職務工資相差30至100元不等。
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