根據《財政部國家稅務總局關於基本養老保險、基本醫療保險、失業保險住房公積金有關人員所得稅政策的通知》(財稅[2006]10號)第二條規定，根據《住房公積金管理條例》和建設部《指導意見》， 財政部、中國人民銀行關於住房公積金管理若幹具體問題的通知(管[2005]5號)按照規定，職工所在城市職工月平均工資分別在12%範圍內超過上壹年度職工月平均工資3倍的部分，可以扣除單位和職工實際繳存住房公積金的應納稅所得額。 具體標準按照當地有關規定執行，對繳存住房公積金的單位和個人當期工資薪金所得超過上述規定的部分征稅。
單位辦理公積金的流程如下:
住房公積金繳存登記:新設立的單位應當自設立之日起30日內到住房公積金管理中心辦公室辦理住房公積金繳存登記，並為其職工辦理住房公積金賬戶設立手續；
住房公積金繳存:住房公積金繳存實行按月匯繳。繳存單位代扣代繳的住房公積金，連同單位應當繳納的部分，自工資發放之日起5日內，由受委托銀行匯至住房公積金管理中心。
單位首次及以後月份匯繳住房公積金時，應填寫“住房公積金匯繳書”，轉賬支票或現金繳款單，其他表格為附件，根據情況分別填寫。
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