辦理完稅證明的基本流程：(1)稅務服務部門檢查納稅人提交的相關信息中包含的信註冊公司息是否準確，信息是否完整，是否符合法定形式，內容是否完整，代理人出示的身份證明是否與本人壹樣，符合要求的，予以受理，不符註冊公司合的現場和二次提示應補充拒絕的信息或理由。(2)主管稅務機關應當按照各自的職責在規定的期限內清繳稅款，並將相關信註冊公司息傳遞給接受方，經辦方稅務機關應當向納稅人出具《清繳證明》。對於不收發票、不開展生產經營活動的納稅人，將立即進行結算。
清稅證明由稅務局開具。“清稅證明”是指公司註銷時，需要先到稅務局辦理稅務註銷。稅務局審核完成後，會為工商局出具納稅義務已完成的通知書，以此確保該公司沒有拖欠稅款的情況。