增值稅專用發票可以抵扣。但需要有憑證，稅法規定的扣稅憑證有：增值稅專用發票，海關完稅憑證，免稅農產品的收購發票或銷售發票，貨物運輸業統壹發票(或者部分實施“營改增”地區的運輸業增值稅發票)。
而且壹般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票以及其他需要認證抵扣的發票，必須自該專用發票開具之日起180日內認證，否則，不予抵扣進項稅額。
法律依據
《增值稅暫行條例》第9條，納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。