電子普通發票跨月作廢需要經過以下步驟：
1.檢查發票是否已認證：如果發票已經認證，需要先聯系認證方，可能需要對方先撤銷認證。
2.在開票系統中進行作廢操作：在開票系統中選擇需要作廢的發票，點擊“作廢”按鈕，將發票作廢。註意作廢發票需要保留紙質發票或電子發票的復印件。
3.確認作廢成功：在開票系統中檢查作廢狀態，確保作廢成功。
4.通知購貨方：將作廢的發票通知給購貨方，並要求其進行紅字沖銷。
5.紅字沖銷操作：在開票系統中進行紅字沖銷操作，輸入需要沖銷的發票號碼和金額，點擊“沖銷”按鈕，完成紅字沖銷。
6.打印紅字沖銷單：將紅字沖銷單打印出來，並加蓋公章和財務章。
7.將紅字沖銷單寄給購貨方：將紅字沖銷單寄給購貨方，以證明已經沖銷了作廢的發票。
綜上所述：電子普通發票跨月作廢需要經過壹系列步驟，包括檢查發票是否已認證、在開票系統中進行作廢操作、確認作廢成功、通知購貨方、紅字沖銷操作、打印紅字沖銷單和將紅字沖銷單寄給購貨方。處理過程中需要註意保留好相關單據和證明文件。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第二十壹條規定：“納稅人、扣繳義務人按照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的期限，繳納或者解繳稅款。”因此，電子普通發票跨月作廢需要按照相關規定進行處理。