壹般情況下，增值稅專用發票的稅務管理是非常嚴格的，壹旦發現問題，稅務局會進行查處。
在實際操作中，地稅局會要求有被扣押發票的公司說明扣押原因，同時也會對有疑問的公司進行現場檢查。
法律依據:《中華人民共和國發票管理辦法》第三十五條違反本辦法規定，有下列情形之壹的，由稅務機關責令改正，可以並處654.38+0萬元罰款；非法所得應予沒收:
(壹)應當開具發票而未開具，或者未按照規定的期限、順序、欄目壹次性開具發票，或者未加蓋專用發票印章的；
(二)使用稅控裝置開具發票，未按期向主管稅務機關報送發票數據的；
(三)使用非稅控電子設備開具發票，未將非稅控電子設備使用的軟件程序描述數據報主管稅務機關備案，或者未按照規定保存並報送發票數據的；
(四)發票的使用情況；
(五)擴大發票的使用範圍；
(六)用其他憑證代替發票；
(7)跨規定區域開具發票；
(八)未按照規定繳銷發票的；
(九)未按照規定存放和保管發票的。