1、外形上的區別：通常情況下，發票專用章是橢圓形，上面有公司的名稱和稅號；而公章是圓形，只有公司名；
2、使用場合不同：公章是法人權利的象征，是所有印章當中，具有最高的效力。財務章則主要用於處理財務事項上，主要用於開具支票、發票以及收據時使用，壹般在銀行開立帳戶時需要備案留底；
3、法律效力不同。公章具有對外的法律效力，而資料專用章只能在單位內部使用有效；
4、規格尺寸的法律要求不壹樣：公章有統壹規定的法定規格、形狀和尺寸，而資料章的外形和尺寸都是由單位自己規定的，不受到法律的約束；
5、壹般對外的有法律效力的是公章，比如單位的證明等文件。但是對於增值稅發票，公章就不可以，只允許用發票專用章或財務專用章。
法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法》第二十二條
開具發票應當按照規定的時限、順序、欄目，全部聯次壹次性如實開具，並加蓋發票專用章。
任何單位和個人不得有下列虛開發票行為：
（壹）為他人、為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；
（二）讓他人為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；
（三）介紹他人開具與實際經營業務情況不符的發票。