除了在當地工商行政管理局現場辦理年檢年報方式外，還可以通過網上辦理。
登錄當地工商行政管理官網，點擊“年檢驗照”（以下簡稱“網檢系統”），進入“企業年檢”模塊或“外商代表機構年報”模塊，按提示閱讀《年檢報告書》或《年度報告書》填報說明，在網上填寫並提交《年檢報告書》或《年度報告書》和年檢年報相關材料。待工商部門網上確認後，自行下載打印《企業年檢通知書》或《外國企業常駐代表機構年度報告通知書》，上述通知書分別為企業年檢和代表機構年報通過標誌。企業和代表機構無需提交紙質年檢年報材料、無需再到年檢年報承辦單位辦理營業執照加蓋年檢戳記手續，憑此通知書可在本市範圍內辦理稅務、社保、海關等部門的相關手續。企業也可根據經營需要，持營業執照副本到年檢承辦部門加蓋年檢戳記。