1、扣除時間不同：選擇“通過扣繳義務人申報”時，個稅的六項專項附加扣除可以在預扣預繳階段扣除，選擇“綜合所得年度自行申報”時，個稅的六項專項附加扣除不能在預扣預繳時扣除，只能在自行辦理個稅年度匯繳清算時扣除。
2、申報流程不同：選擇“通過扣繳義務人申報”時，納稅人通過所在單位進行個稅扣除申報，由單位每個月計算出員工應預扣預繳的稅款，然後向稅務機關辦理全員全額納稅申報，選擇“綜合所得年度自行申報”時，單位每個月發放工資時正常扣稅，第二年再由納稅人自己前往稅務部門辦理個稅專項附加扣除，然後由稅務部門進行退稅。