個人所得稅代扣費可在個人所得稅收入申報並結清票款後，向稅務機關申請代扣代繳2%的手續費，稅務機關審核批準後支付。不能及時支付的，應當說明原因。根據《中國人民銀行、國家稅務總局、財政部關於進壹步加強代扣代繳手續費管理的通知》(財行[2005]365號)，未收到或少繳稅務機關應繳代扣手續費的單位，有權要求稅務機關及時繳納。如因扣繳單位原因，三年內稅務機關未能收取手續費的，稅務機關將停止支付手續費。可以按照上述規定申請繳納代扣代繳手續費。