稅務機關不查。稅務部門認為妳的租金明顯偏低，與周邊租金進行對比後，確定壹個租金征稅。個人覺得稅務部門不會查，妳只要按照變更後的合同繳稅就行了。
未備案的租房合同，可免於個人所得稅專項附加扣除。直轄市、省會城市、計劃單列市和國務院確定的其他城市扣除標準為每月1500元。