法律分析：個人所得稅申訴對企業是有影響的,因為稅務局會通知該企業配合調查,提供相應的員工的社保,工資計提、申報、發放明細,企業賬本等,如果調查的結果顯示,該企業申報的收入的金額無誤,則調查終止。如果調查結果顯示申報錯誤,有多申報,虛假申報的情況,則需要補交企業所得稅和滯納金。個人所得稅申訴，對企業是有影響的。當壹個單位被個人申訴的情況下，稅局會通知單位去解釋被申訴的原因，如果解釋不清，可能會被認為是有意控制工資薪金的申報，從而減少企業所得稅的繳納，有構成逃稅嫌疑，可能導致查賬或者補交稅款的。
法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》 第二條 下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（壹）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；
（八）財產轉讓所得；
（九）偶然所得。
居民個人取得前款第壹項至第四項所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合並計算個人所得稅；非居民個人取得前款第壹項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。